Uniwersytet Papieski Jana Pawła II dawniej funkcjonował pod nazwą Papieska Akademia Teologiczna w Krakowie. Należy do jednej z nielicznych uczelni kościelnych w kraju, mających taką samą rangę, jak uczelnie publiczne. Wszyscy chętni, którzy pomyślnie przejdą proces rekrutacji mogą kształcić się na pięciu wydziałach: Historii i Dziedzictwa Kulturowego, Filozoficznym, Nauk Społecznych, Teologicznym i zamiejscowym – Teologicznym. Prężnie funkcjonują także instytucje międzywydziałowe: Bioetyki oraz Ekumenii i Dialogu. Istnieje możliwość uzyskania tytułu licencjata, magistra, a także licencjata kościelnego oraz doktora. Uczelnia należy do licznych organizacji i zrzeszeń. Prowadzi współpracę międzyuczelnianą na terenie Europy. W ramach uniwersytetu działa wydawnictwo, Fundacja im. Świętej Królowej Jadwigi itp. Studenci mają także szanse rozwijać swoje zdolności w chórze akademickim oraz poprzez uczestnictwo w licznych kołach naukowych. W zdobywaniu wiedzy pomaga bogato wyposażona biblioteka.